ซาเรฟนาโซฟียา อะเลคเซยีฟนาทรงหลงอยู่ในอำนาจของตำแหน่งผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ และพระเจ้าซาร์ที่แท้จริงก็ทรงเจริญพระชันษาขึ้นรวมถึงทรงมีจุดยืนของพระองค์ในหลายปีผ่านมา พระเจ้าซาร์ปีเตอร์ทรงมีพระชนมายุ 16 พรรษา ทรงเรียกร้องให้โกลิตซินรายงานกิจการบ้านเมืองต่างๆให้พระองค์ได้ฟังทุกเรื่อง และตระกูลนาริชกินก็วางแผนมาอย่างเป็นระยะเวลานานเพื่อก้าวขึ้นสู่อำนาจ ในปีค.ศ. 1688 พระเจ้าซาร์ปีเตอร์ทรงเริ่มสนับสนุนกลุ่มตระกูลของพระองค์ ในขณะที่ซาเรฟนาโซฟียาไม่ทรงมีอำนาจที่จะหยุดยั้งได้ในทันที ทรงทำได้แค่ดำเนินการแบบค่อยเป็นค่อยไป ในช่วงนี้ผู้สำเร็จราชการโซฟียาไม่ทรงสนพระทัยพระเจ้าซาร์วัยหนุ่ม ทรงปล่อยให้พระเจ้าซาร์ทำการฝึกฝนกองทหารพรีโอบราเซนสกีและเซเมนอฟสกี ณ พรีโอบราเซนสโก แม้นักประวัติศาสตร์บางคนอ้างว่า ซาเรฟนาโซฟียาทรงพยายามอย่างรอบคอบในการต่อต้านพระเจ้าซาร์ปีเตอร์ และพยายามลบอำนาจของพระเจ้าซาร์ออกจากการเมือง แต่ถึงกระนั้นบทบาทของพระนางในช่วงนี้ยังไม่ชัดเจน ซาเรฟนาโซฟียาและพรรคพวกของพระนางวางแผนที่จะทำให้ซาเรฟนาโซฟียาได้ราชาภิเษกเป็นซารีนา และในเดือนสิงหาคม ค.ศ. 1687 ทรงพยายามชักชวนให้พวกสเตลท์ซียื่นคำร้องแทนพระนาง ซึ่งเป็นคำร้องขอให้พระนางขึ้นครองราชย์ แต่เมื่อไม่ได้รับการสนับสนุน ซาเรฟนาโวฟียาและพรรคพวกของพระนางก็รู้แล้วว่าอำนาจของพระนางกำลังลดน้อยลงในปี 1688 การก่อสงครามไคเมียทำให้เกิดการก่อจลาจลและความไม่สงบในมอสโก สถานการณ์กับแย่ลงมากขึ้นเมื่อพระเจ้าซาร์ปีเตอร์ทรงอภิเษกสมรสกับเยฟโดกียา โลพูคีนา ซึ่งถือว่าพระองค์พร้อมแล้วที่จะปกครองด้วยพระองค์เอง และพระเจ้าซาร์อีวานที่ 5 กลับมีพระราชธิดา ทำให้พระนางทรงหมดโอกาสในการเรียกราชบัลลังก์ให้แก่กลุ่มตระกูลของพระนาง ความตึงเครียดระหว่างสองฝ่ายการเมืองเริ่มทวีมากขึ้น จนกระทั่งพระเจ้าซาร์ปีเตอร์มีพระชนมายุ 17 พรรษา เมื่อพระญาติวงศ์นาริชกินเรียกร้องให้ซาเรฟนาโซฟียาลงจากอำนาจ ชาโควีตีเสนอให้ซาเรฟนาโซฟียารีบตั้งตนขึ้นเป็นซารีนาและพยายามให้พวกสเตลท์ซีก่อการจลาจลใหม่อีกครั้ง แต่พวกสเตลท์ซีส่วนใหญ่ถูกให้ออกไปจากศูนย์กลางมอสโก โดยไปอยู่ที่ชานเมืองคือย่านเขตพรีโอบราเซนสโก และจากนั้นไปอยู่ที่โบสถ์ทรอตซี-เซอกีเยฟวา ลาฟรา ซึ่งเป็นสถานที่ที่พระเจ้าซาร์หนุ่มประทับอยู่ ซาเรฟนาโซฟียาทรงทราบถึงอำนาจที่หลุดออกไปจากพระหัตถ์ พระนางจึงส่งขุนนางโบยาร์และพระอัครบิดรไปเข้าเฝ้าพระเจ้าซาร์ปีเตอร์เพื่อเชิญพระองค์มาพบปะพระนางผู้เป็นพระเชษฐภคินีที่เครมลิน พระเจ้าซาร์ทรงปฏิเสธโดยไม่ไว้พระพักตร์พระเชษฐภคินี พระองค์ยังทรงเรียกร้องให้ประหารชีวิตซาโควีตีและให้เนรเทศโกลิตซิน[7]

หลังจากนั้นซาเรฟนาโซฟียาทรงยอมจำนนต่อพวกขุนนางโบยาร์อาวุโส พระนางจึงถูกจับกุมและเนรเทศไปยังโนโวเดอวีชีคอนแวนต์โดยไม่ต้องสวมผ้าคลุมพระพักตร์อย่างเป็นทางการ ซาเรฟนาโซฟียาอาจจะทรงพยายามครั้งสุดท้ายในการรักษาอำนาจแต่วิธีของพระนางก็ไม่ชัดเจน พระนางทรงถูกจองจำเป็นเวลา 10 ปีก่อนที่โอกาสจะมาอีกครั้งเมื่อเกิดการลุกฮือของสเตลท์ซีในปี 1698 โดยพยายามที่จะฟื้นพระอำนาจของซาเรฟนาในเครมลินในช่วงที่พระเจ้าซาร์ปีเตอร์ไม่ประทับอยู่ในประเทศ การจลาจลครั้งนี้ถูกปราบปรามอย่างโหดเหี้ยม ในไม่ช้าศพของพวกกบฏถูกแขวนห้อยตรงหน้าต่างของซาเรฟนาโซฟียา ซาเรฟนาโซฟียาทรงถูกย้ายไปซ่อนตัวในสถานที่ที่เข้มงวดมากขึ้น แม้แต่เหล่าแม่ชีก็ไม่ได้รับอนุญาตให้เข้าเฝ้าพระนางยกเว้นวันอีสเตอร์ พระนางสิ้นพระชนม์ในโนโวเดอวีชีคอนแวนต์ในอีก 6 ปีต่อมา[3]